Mitropolia Moldovei a luat ființă, cu statut canonic, recunoscut de Patriarhia ecumenică, înainte de luna septembrie 1386, când ea este atestată documentar pentru prima oară întru-un ‘Manual de cancelarie bizantină’.
Se presupune că actul întemeierii s-a petrecut prin anii 1381-1386, în timpul domniei lui Petru Mușat (1375-1391) și a patriarhului ecumenic Nil.
Cererea pentru înființarea noii Mitropolii nu putea să vină decât din partea lui Petru Mușat, care, în cei 16 ani de domnie, s-a dovedit un priceput organizator al noului stat, dar și ctitor al unor lăcașuri de închinare. Oricum, din moment ce în septembrie 1386 Mitropolia Moldovei figura printre ‘provinciile eclesiastice bizantine’, acordul pentru crearea ei fusese obținut mai demult, notează pr. prof. dr. Mircea Păcurariu.
La scurt timp după recunoașterea Mitropoliei Moldovei de Patriarhia ecumenică, s-a iscat un conflict generat de refuzul domnilor din Moldova de a mai accepta ca Biserica să fie condusă de ierarhi greci.
Petru I Mușat a cerut mitropolitului Antonie al Haliciului să hirotonisească doi ierarhi moldoveni. Unul dintre aceștia era Iosif, o rudă a domnului moldovean.
În același timp, Petru Mușat a cerut Patriarhiei ecumenice, care gestiona mitropolia Haliciului, recunoașterea lui Iosif ca mitropolit al Sucevei, unde se mutase scaunul domnesc și, de asemenea, recunoașterea celuilalt ierarh ca episcop în scaunul de la Rădăuți.
Se urmărea prin aceasta, de fapt, recunoașterea din partea Patriarhiei ecumenice a independenței statului românesc de la est de Carpați și implicit a unei unități ecleziale canonice cu jurisdicție administrativă în teritoriul său. Această cerere a fost acceptată, însă recunoașterea unui ierarh local contravenea practicilor Patriarhiei ecumenice, care, atunci când aproba înființarea unei unități ecleziale, își trimitea propriul ierarh.
Patriarhia s-a împotrivit recunoașterii lui Iosif ca mitropolit la Suceava și a hirotonit un grec pentru scaunul mitropolitan din Moldova, Teodosie, care a încercat să-și ocupe scaunul în 1391. Petru Mușat a refuzat să-l primească în Moldova.
O nouă tentativă a Patriarhiei ecumenice de a trimite, în 1392, ca mitropolit în Moldova, pe un grec, Ieremia, a agravat conflictul dintre domnii Moldovei și Patriarhie.
Succesorul lui Petru Mușat, Roman I (1391-1394), l-a silit pe mitropolitul grec, care venise în Moldova, să se întoarcă la sud de Dunăre. În context, pentru credincioșii din Moldova, domni, dregători și cler, Patriarhia ecumenică a dat anatema (excludere din Biserică). Încercările domnului Ștefan I (1394-1399), succesorul lui Roman I, de a stinge conflictul cu Patriarhia nu a cunoscut vreun rezultat. În chip similar, încercările Patriarhiei ecumenice de la Constantinopol de a-și impune proprii ierarhi în Moldova au fost sortite eșecului.
Neînțelegerile au luat sfârșit în vremea patriarhului Matei de Constantinopol și a domnului Moldovei Alexandru cel Bun (1400-1432).
Situația creată era destul de tensionată și genera neliniște ambelor părți: pe de o parte moldovenii nu erau liniștiți, știindu-se sub anatemă din partea Patriarhiei de Constantinopol, cea mai înaltă autoritate bisericească din Răsărit, iar pe de altă parte Patriarhia nu putea rămâne în această situație, într-o vreme când propaganda catolică era foarte activă, existând cel puțin riscul ca Moldova să cadă sub influența acesteia.
De aceea, solia trimisă de Alexandru cel Bun la Patriarhia ecumenică, în iunie sau iulie 1401, cu rugămintea de a-l recunoaște pe Iosif ca mitropolit a fost primită cu toată bunăvoința de patriarhul Matei I (1397-1410).
La 26 iulie 1401, printr-o Gramata patriarhală și o scrisoare către domnul Moldovei, patriarhul l-a recunoscut pe Iosif Mușat ca mitropolit al Moldovei.
Potrivit unei tradiții, reședința primului mitropolit al Moldovei a fost la Mănăstirea Mirăuți din Suceava, ctitoria lui Petru Mușat, lucru consemnat și de Misail Călugărul.
Pentru creșterea prestigiului atât al scaunului domnesc, cât și al reședinței mitropolitane, Alexandru cel Bun a adus moaștele Sfântului Ioan cel Nou de la Cetatea Albă, care a pătimit aici la anul 1330. La aducerea lor, în apropiere de Iași, la locul numit Poiana Vlădicăi, au fost întâmpinate de domn, mitropolit, boieri și o mulțime de preoți și credincioși, însoțindu-le până la Suceava.
Ultima oară, mitropolitul Iosif este amintit într-un hrisov din 16 septembrie 1408, prin care Alexandru cel Bun dăruia două sate ‘Bisericii Sfintei Vineri care-i în târgul Romanului’. Deja prin 1416-1418 se găsea la Constantinopol un nou mitropolit al Moldovei, care cerea recunoașterea în scaunul de la Suceava. (surse: Istoria Românilor, vol. IV, Academia Română, Ed. Univers Enciclopedic, 2016; Istoria Bisericii Ortodoxe Române, Compendiu, Pr. prof. dr. Mircea Păcurariu, Basilica, 2013; Istoria Bisericii Ortodoxe Române, vol: I, Pr. Ion Vicovan, Iași, Trinitas, 2002)
